ある王国に王女が生まれ、盛大に祝われていた。しかし祝いの席に招かれていなかった妖精マレフィセントが現れ、生まれたばかりのオーロラ姫に、16歳の誕生日に永遠の眠りにつくよう呪いをかける。本作ではマレフィセントがこのような邪悪な妖精となった背景が明かされる……。
人を喰らう怪人「喰種(グール)」が跋扈する東京。日常に隠れて生きる、正体が謎に包まれた「喰種」の脅威に、人々は恐れを感じ始めていた。読書好きの平凡な大学生・カネキは、通いつめる喫茶店「あんていく」にて、自分と同じく高槻泉を愛読する少女・リゼと出会う。それが自分の運命を大きく変えることになるとは知らずに……。リゼとのデートにて、鉄骨落下事故に遭遇し、瀕死の重症を負うカネキだったが、手術により何とか一命を取り留める。しかし、目覚めたカネキにある異変が起こり始め……。一方、東京の喰種殲滅を目指すCCG(喰種対策局)上等捜査官の真戸呉緒と亜門鋼太朗は「ジェイソン」を追う途中で、「大喰い」の痕跡を発見し、「あんていく」のある20区に向かうことになり……。